Имя Конгтрула иногда связывают с дипломатией. В 1857 году его послали в Центральный Тибет, чтобы обнаружить новое воплощение Ситу Ринпоче, умершего в 1853 году. Здесь в переговорах с Гьялпо Шедрой , премьер-министром тибетского правительства, ему пришлось пустить в ход свои дипломатические способности, чтобы добиться переезда в Палпунг юного Ситу, чьи родители подчинялись властям монастыря Трашилхунпо . Был и другой случай, когда некоторые гелугпинские монастыри Восточного Тибета потребовали, чтобы в этой области были уничтожены монастыри школы кагью. Это требование исходило от войск Центрального Тибета, введенных с целью отразить вторжение войск Ньягронга , возглавляемых Гон-по Намгьялом (mGon-po rNam-rgyal). Применив свое искусство целителя, Конгтрул сумел вылечить от тяжелой болезни Донгкама Трулку , главу монастырей драгьяб-гелуг (brag-gyab dge-lugs), благодаря чему успешно выполнил дипломатическую миссию по спасению Палпунга и других кагьюпин-ских монастырей от разрушения, а их имущества от конфискации. К Конг-трулу неоднократно обращались как к посреднику и миротворцу: он всегда выполнял эти просьбы, но политиком не стал. Он неизменно стремился к истинно духовным целям и лишь играл политическую роль, выполняя один из видов бескорыстных деяний живущего в миру бодхисаттвы.

Несмотря на влиятельное положение, которое Конгтрул занимал в буддийском обществе Восточного Тибета, когда ему был шестьдесят один год и он уже написал множество трудов, благодаря которым и поныне пользуется чрезвычайно высокой репутацией, несколько ничтожных мона хов из монастыря Палпунг подняли шумиху с целью дискредитировать его и ламу Вонгэна. Вероятно, они поступили так потому, что им претила широта взглядов Конгтрула и его всеобъемлющий подход к разным учениям, особенно к учениям древней традиции. Кьенце сказал ему, что происходящее является большим препятствием для учения. В конце концов, расследовать этот вопрос поручили Церинг Дондрубу (Tshe-ring Don-grub), высокопоставленному представителю администрации Деге. Обвинения признали необоснованными, вопрос был исчерпан, а несколько монаховзачинщиков арестованы. Было решено, что резиденцией ламы Вонгэна станет Дрентанг (Dren-thang), а Конгтрул будет оставаться в своем уединенном жилище. На следующий год лама Вонгэн умер. Как писал Конгтрул, его смерть была прямым следствием препятствия, созданного учениками, которые нарушили обязательства по отношению к своему учителю. Кьенце в письме к Конгтрулу дал ему такой совет:
Пребывая в монастыре Палпунг, вы усиленно распространяли учение и давали посвящения. Вы передавали великие ритуалы древней и новой традиций, и участвовали в их выполнении как тантрийский учитель. Кроме того, вы преподавали различные науки. В своей уединенной обители вы проводили долгие затворы. Хуже того, что с вами случилось теперь, уже не будет, разве что вас убьют. А потому следуйте совету Атиши: «Держись на расстоянии по меньшей мере ста верст от того места, где спорят».
Конгтрул заявил, что не держит зла на монахов, которые его оскорбили, а питает к ним лишь сострадание, понимая, что их умами владели сильные чувства и они нарушили священную связь со своим учителем. В то же самое время, поскольку монахи и учителя, виновные в этом происшествии, отплатили злом в ответ на доброту ламы Вонгэна (который был одним из учителей Конгтрула), Контрул признавал, что испытывал к ним неприязнь. С того времени он почти четырнадцать лет не бывал в монастыре Палпунг. Однако к концу его жизни среди его учеников было большинство величайших учителей и лам-перерожденцев девятнадцатого столетия.

Конгтрул умер на восемьдесят седьмом году, в четверг, 28 декабря 1899 года, и в это время проявилось много благоприятных знаков. Он был чрезвычайно плодовитым писателем, ему принадлежит более девяноста томов по теории и практике в традициях ньингма, кадампа, сакьяпа, кагью и бонпо.

Хотя его нельзя считать новатором, его заслуга заключается в том, что он собрал редкие учения и сведения по многим вопросам, связанным с буддизмом, и дал им жизнь за пределами девятнадцатого столетия. Временами он заново переписывал учения, чтобы сделать их более доступными для умов современников. Он олицетворяет успешную попытку свести воедино все знание, содержащееся в буддийской литературе на тибетском языке после периода систематизации учения, длившегося на протяжении четырнадцатого и пятнадцатого веков. Именно в тот период появились такие гении, как Цонгкапа , основатель школы гелуг, и Лонгченпа , величайший ум школы ньингма. Одна из особенностей ученых трудов Конгтрула — его подчеркнутое внимание к индийским первоисточникам, тогда как до этого монастыри длительное время выпускали лишь отечественные работы, специализировавшиеся на скрупулезном толковании индийских трактатов.