Так или иначе всю свою жизнь Конгтрул проявлял себя как несравненный ученый и совершенный учитель.
В Палпунге, под руководством Ситу Пэмы Ньинче и других духовных наставников Конгтрул делал большие успехи. К двадцати пяти годам он уже стал известным учителем, и многие обращались к нему как за духовным руководством, так и за наставлениями по санскритской и тибетской грамматике. Примечательно, что этот человек, ставший одним из самых видных авторитетов по всем вопросам буддийской науки, никогда не учился ни в монастырской школе, ни в другом учебном заведении.
От Ситу он получил «Собрание ста посвящений Таранатхи» и передачу Тибетского канона; Чагме Трулку (Chags-med sPrul-sku) дал ему множество посвящений и учений высших тантр, таких как Гухьясамаджа и Хаягрива, а Дэигар Чогтрул ('Dzi-sgar mChog-sprul) - четыре тантры, составляющие основу теории и практики тибетской медицины. Так он стал вместилищем бесчисленных учений. Конгтрул последовательно осваивал все практики, которым его учили, неуклонно стремясь достичь внутреннего осуществления, и неизменно получал чудесные предзнаменования. Например, когда в 1836 году он выполнял затвор по практике пяти божеств Чакрасамвары, однажды ночью ему приснилось, что он входит в величественное здание. Туда же прибыли какие-то люди, которые принесли духовные книги, написанные золотом, обернутые в шелковую парчу и испускающие аромат камфары. Во дворе дома он увидел Луипу, Кришначарью и Гхантапу - троих индийских махасиддх, самых значительных в линии передачи Чакрасамвара-тантры. Они явились в облике детей, одетых в разные наряды. Через некоторое время трое сиддх исчезли, и Конгтрул остался в естественном состоянии ума.
Чаще всего повторялись сны о Гуру Ринпоче или о том, что он сам - Гypy Ринпоче, — эти сны, имевшие пророческий смысл, он видел во время или после духовных практик, которыми он занимался. Конгтрул пишет, что в последующую часть его жизни видения и необычные переживания случались менее часто, потому что он пользовался благами, которые предоставила ему монашеская община, а потому его ум был затемнен силой кармических долгов.

Через несколько лет после того, как Конгтрул впервые прибыл в Палпунг, главную резиденцию школы кагью в Восточном Тибете, он стал считать себя «кагьюпой» - так у него появилось чувство принадлежности к конкретной школе. Одновременно его тяга к древней традиции (ньингма) уменьшилась. Однако вскоре он осознал, что все происходившее в его уме было кармическим препятствием. Он испытал чувство сожаления и раскаялся в том, что переменил веру. Сразу же после этого его близкое сродство с древней традицией снова проявилось в различных сновидениях. Некоторые указывали ему местонахождение сокрытых учений. Временами ему снились древние переводчики, которые показывали ему неизвестные тантры и давали их передачу. Кроме того, тогдашние сны открыли ему, что он - воплощение различных древних учителей. В иных снах он встречался с древними индийскими учителями, такими как Атиша , Шантидэва и Чандрагомин , а также с бесчисленными тибетскими учителями прошлых времен.

В 1839 году все подарки, которые Конгтрул получил, сопровождая в поездке Четырнадцатого Кармапу Тегчога Дордже (Theg mchog rDor-je) (1798—1868), он поднес Ситу Пэме Ньинче, дабы тот провел ритуал зарождения пробужденного ума (бодхичитты). По этому случаю Конгтрул получил имя Чангчуб Семпа Лодро Тайе (Byang-chub Sems-dpa' Blo-gros mTha'-yas) — Бодхисаттва Безграничного Разума. Конгтрул часто исполнял ритуал зарождения бодхичитты по просьбе других, и этот факт свидетельствует о том, что он придавал идеалу бодхисаттвы большое значение. В тот же самый год Конгтрул впервые встретился с Джамьянгом Кьенце Вангпо, получил от него учения и глубоко в него уверовал.