«Сокровищница драгоценных учений-кладов» (Rin chen gter mdzod) содержит посвящения, учения, ритуалы и наставления о том, как применять их в затворе, по всем циклам терма, обнаруженных Конгтрулом. Этот сборник начинается с «кладов земли» таких тертонов, как Ньянграл Ньимэй Осер , Гуру Чокьи Вангчуг (Gu-ru Chos-kyi dBang-phyug), Лонгченпа, Ригдзин Годем , Тангтонг Гьялпо (Thang-stong rGyal-po) (1385 - 1509); различных лингпа (gling-pa), в том числе Ринчена (Rin-chen) (1340 - 1396), Дордже (rDo-rje) (1346-1405), Кармы (Каrmа), Пэмы (Pad-ma) (1450 -?), Лэтро (Las-'phro) (1585-1656) и Чоглинга, а также бонских открывателей кладов. Вторую часть этого сочинения составляют циклы учения из «кладов ума» и «чистых видений» таких тертонов, как Пятый Далай-лама, Дордже Тогме Цал (rDo-rje Thogs-med rTsal) (1617-1682), Намчо Мигьюр Дордже (gNam-chos Mi-'gyur rDo-rje) (семнадцатый век) и Джигме Лингпа ('Jig-med Gling-pa). Последняя часть сочинения содержит те учения-терма, которые стали передавать очень редко; в нее входит сборник текстов по малым терма с комментариями. Это произведение насчитывает шестьдесят томов.
«Сокровищница ключевых наставлений» (gDams ngag mdzod) содержит посвящения и наставления, связанные с восемью тибетскими линиями передачи практики: ньингма, кадам, сакья, Марпа-кагью, Шангпа-кагью, умиротворение [страдания] (шичжед: zhi byed), йога нерушимого состояния (rDo-rje mal-'byor), три нерушимых состояния приближения и свершения (rDo-rje gsum-gi-bsnyen-sgrub) — и девятый раздел, посвященный разным учениям других линий передач. Это сочинение состоит из двенадцати томов.
И наконец, «Особая тайная сокровищница наставлений» (Thun mong min gsang mdzod), для которой Кьенце написал пятнадцать вступительных очерков, заключает в себе «Единство умов Трех Корней» и другие учения, восходящие к желтым свиткам (содержащим учения-терма), и клады ума, открытые самим Конгтрулом. Этот труд состоит из семи томов.

Кроме того, Конгтрул писал о ритуалах, записывал наставления для учеников, сочинял философские труды, рассматривал вопросы индийской и китайской астрологии, медицины, грамматики и др.
Если обозреть огромное литературное наследие Конгтрула, может сложиться впечатление, что большую часть жизни ему приходилось заниматься литературным трудом. На самом же деле почти все свое время он посвящал личным затворам и различным практикам и, по его словам, часто писал «в перерывах между занятиями медитацией». Благодаря своей несравненной учености и проницательности Конгтрул получил имя Джамгон ('Jam-mgon) - Кроткий Покровитель, - поскольку этот эпитет носит Манджушри, бодхисаттва, олицетворяющий высшую мудрость.