Начиная со времен второй волны распространения буддийского учения в Тибете, древняя школа ньингма подверглась жестоким гонениям . А потому львиная доля внимания трех учителей досталась учениям школы ньингма и особенно системе Дзогчен. Ведь самое длинное из многочисленных сочинений Конгтрула - «Сокровищница драгоценных учений-кладов» (Rin chen gter mdzod), которое состоит из более чем шестидесяти томов важнейших циклов ньингмапинских учений-терма. Во «Всеобъемлющем знании» система Дзогчена названа высшей из девяти колесниц, которые все вместе составляют пути, изложенные в Сутре и Тантре.
Разумеется, всеобъемлющий подход Конгтрула и его соратников не имел целью слить в единую систему разные традиции тибетского буддизма, но он действительно послужил делу преодоления сектантства, чувства принадлежности к конкретной школе, веры в ценность лишь одной традиции.

Человек небольшого ума, знакомый с единственным философским подходом, единственным тайным наставлением или единственной системой практики, легко может пасть жертвой представления, что это единственно верный путь. Открытое же отношение к разным традициям может освободить ум от предвзятости и пристрастности, даровав проницательность, позволяющую понять взаимосвязанность различных учений и традиций, их возможности и особенности - одно это преимущество гораздо весомее, чем опасность запутаться в столь разных и, на первый взгляд, порой противоречивых буддийских учениях и традициях. Даже Будда в различных проповедях давал противоречивые объяснения. Если хочешь полностью понять объяснение, необходимо учитывать его обстоятельства и аудиторию, которой оно было предназначено. Конгтрул, ставший вместилищем бесчисленных учений и тайных наставлений всех традиций, критически отзывался о современных ему учителях:
В наше время даже известные учителя и пандиты, как правило, мало знают различные учения Будды и мало верят в них; их образование ограничено собственной традицией и основано лишь на изучении нескольких текстов. Большинство же людей, как влиятельных, так и обычных, необразованны и не слишком разбираются в смысле учения. В частности, ныне многие люди, пристрастные и лишенные ока, прозревающего учения, самонадеянно объявляют одни традиции хорошими, а другие - плохими, одни линии передачи учения - чистыми, а другие - нечистыми. Подобно слепому яку, шарахающемуся от воображаемой опасности, они мнительны и подозрительны даже по отношению к собственной школе, не говоря уже о других традициях.
Автобиография Конгтрула свидетельствует о его чрезвычайной скромности. Тем не менее, в ней ярко видны его исключительные качества и деяния. Он заявляет, что относится с верой и уважением ко всем учениям и подлинным учителям, которые их сохраняют. Именно вера питала широту его кругозора; он никогда никоим образом не отрицал ни одного из аспектов учения Будды. Поэтому для всех буддистов он стал примером, достойным подражания.

В 1855 году Чоглинг признал в Конгтруле тертона, то есть открывателя учений-кладов, и дал ему имя Чиме Тэнньи Юнгдрунг Лингпа ('Chi-med bsTan-gnyis gYung-drung Gling-pa). Конгтрул глубоко почитал Чоглинга и много раз приглашал его проводить ритуал открытия кладов или присутствовать на нем. Например, когда Чоглинг и Кьенце обнаружили в Пещере Хрустального Лотоса, что в Дзамнанге, тексты, принадлежащие к трем разделам традиции Дзогчен, Чоглинг вручил Конгтрулу великолепное изваяние Махакалы, которое Нагарджуна вырезал из черного камня, взятого в Прохладной Роще . Это скульптурное изображение хранило отпечаток рук Нагарджуны. В ответ Конгтрул дал Чоглингу редкостное древнее изваяние Гуру Ринпоче. Во второй лунный месяц 1867 года Чоглинг и Кьенце вместе возвели Конгтрула на трон, наделили его официальным титулом открывателя кладов и совершили для него ритуалы долгой жизни.
Конгтрул часто путешествовал по двадцати пяти местам силы Восточного Тибета, которые были открыты Чоглингом, выполняя бесконечное число тантрийских ритуалов пиршественного подношения или большие ритуалы, связанные с различными божествами и широко распространенные в древней традиции. Часто он объединял большие ритуалы с приготовлением освященных лекарств мэндруб (sman grub), проявляя большую искусность в науках врачевания и алхимии. Он был автором получившего известность метода обезвреживания ртути, а его книги по медицине и поныне высоко ценят врачи традиционной тибетской медицины.